Зокрема, суддю, яка розглядала першу справу Ходорковського та його партнера Платона Лебедєва, не визнано зацікавленою в результаті справи.
У зв'язку з цим Європейський суд з прав людини дійшов висновку, що російська влада не порушувала право підприємців на справедливий судовий розгляд.